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一、从一般纳税人处取得专用发票。
购进农产品，取得一般纳税人开具的增值税专用发票或海关进口增值税专用缴款书，直接按票上的进项税额抵扣，不需要计算应抵扣的进项税。
例如：某公司从某一般纳税人企业购进小麦一批，对方开了增值税专用发票，金额10万元，税额0.9万元，此时，该公司直接按正常取得专票认证抵扣，可抵扣进项税为0.9万元。当然，如果用于生产或委托加工13%税率货物的农产品，还能加计抵扣1%。
二、从小规模纳税人处取得专用发票。
根据规定，购进农产品，从按照简易计税方法依照3%征收率计算缴纳增值税的小规模纳税人取得增值税专用发票的，以增值税专用发票上注明的金额和9%的扣除率计算进项税额。用于生产13%税率的，按照10%扣除率计算进项税额。现政策规定，疫情期间小规模纳税人按照1%征收率计算缴纳增值税，并可以开具增值税专用发票。开具1%专票是否可以9%或10%计算抵扣？各地的答疑口径是不同的，纳税人执行的很混乱。
国家税务总局答疑的口径：从小规模纳税人处购进农产品取得1%专票不得按票面金额的9%或10%计算抵扣，只有取得3%的专票才可以。例如：某公司从某小规模纳税人企业购进小麦一批，取得代开的增值税专用发票，金额10万元，税额0.3万元，此时，该公司能抵扣的进项税=10×9%=0.9万元，计入原材料金额=10.3-0.9=9.4万元。
1%的专票可以抵扣9%的进项吗？
一般纳税人收到增值税专用发票，包括小规模纳税人依照税法规定开具的增值税专用发票，只要不是税法明确规定不得抵扣的情形，都是可以按照规定抵扣进项税额的。
2023年针对小规模纳税人的增值税优惠政策，是对适用征收率为3%的可以减按1%计征增值税，月度销售不足10万元（季度不足30万元）免征增值税；同时，小规模纳税人可以按照1%开具增值税专用发票，但是开具增值税专用发票部分不得享受增值税免征的优惠政策。
如果购销的货物属于农产品的，小规模纳税人开具1%的增值税专用发票的，一般纳税人在购进农产品后无论是用于深加工还是初加工，都只能按照票面的1%抵扣进项税额；如果小规模纳税人放弃享受减税的优惠政策，开具的是3%的增值税专用发票，一般纳税人购进后可以票面的价款×9%计算进项抵扣额（不是票面的税额），进行农产品深加工的（产品的税率为13%）可以按照10%计算进项抵扣额。因此，对于购销货物是农产品的，购进方需要特别注意小规模纳税人开具专票的征收率，不要为了压价而损失更多的抵扣额。
法律依据：
《财政部、税务总局关于明确增值税小规模纳税人减免增值税等政策的公告》第二条
自2023年1月1日至2023年12月31日，增值税小规模纳税人适用3%征收率的应税销售收入，减按1%征收率征收增值税；适用3%预征率的预缴增值税项目，减按1%预征率预缴增值税。
8月30日，国家税务总局正式答复来了！
政策规定是，取得“依照3%征收率计算缴纳增值税的小规模纳税人取得增值税专用发票的”，所以取得1%农产品专票，不能按9%计算抵扣进项税额。
总局的“言外之意”是，如果取得了小规模纳税人开具的1%征收率的增值税专用发票，不可按上述规定计算抵扣进项税额。
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